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蛋白Marker怎么选,预染和非预染分别用在哪?

更新时间 2026-11-02 00:07:29

买 Marker 的时候，预染和非预染摆在一起，价格差两三倍，新手容易懵：是不是贵的预染更好？预染和非预染没有谁更高级，干的是不同的活。

日常跑 WB、想顺手确认转膜转过去没有，用预染；要精确报分子量、或者切胶送质谱，用非预染。真正选错经常不是"染不染"的问题，是范围没选对，marker 没把你的目标蛋白包住。

图源：https://www.nippongenetics.eu/en/product-category/protein-electrophoresis/protein-ladder/unstained-ladder/

非预染、预染Marker的区别

预染和非预染，说到底就一件事不一样：蛋白身上有没有共价挂上染料。

非预染，就是一批已知分子量的纯化蛋白，原样混在一起，啥颜色都没染。

预染，是同样这批蛋白，在赖氨酸的氨基上共价接了染料分子（一般蓝色、绿色、橙色、粉色几种），连得死死的，不可逆。

图源：https://www.neb.com/en/products/protein-tools/protein-markers-and-ladders

就这一个差别：挂没挂染料，下面所有不一样的地方全是从这长出来的。所以别把它们当成两种东西，它们本质是同一批标尺，一个裸着、一个穿了彩衣。

把彩衣穿上，蛋白的电荷、质量、流体力学体积全变了。染料大多带额外负电、又加了点质量、还改变了分子形状，结果就是这条带在胶里的迁移位置，跟它标称的真实分子量对不上。

更麻烦的是，不同蛋白挂上的染料分子数还不完全一样，所以偏移不是均匀的，你没法用一个固定系数去修。厂商自己也只敢写"apparent molecular weight（表观分子量）"，随盒塞一张参考图让你按图校准，明说不当绝对值用。

理解了"挂没挂染料"这个点，下面所有差别你不用记，全推得出来：

电泳跑的时候能不能看见它：预染带着颜色，蓝绿橙粉，肉眼直接在胶槽里看它往下走，不用只靠溴酚蓝前沿猜进度。非预染是透明的，跑的过程中你啥也看不见，只能盯前沿指示剂，心里估什么时候停。

转膜之后能不能确认转过去了：这是 WB 里预染最实用的地方。预染的染料跟着蛋白一起转到膜上，你拿膜一看，彩色条带在哪个位置、转得均不均匀，一眼就清楚，省掉 Ponceau S 染膜那一步。
非预染转完膜是白的，想确认转没转过去，得先 Ponceau S 染色、看完还得脱色，多一道。预染里多色版本还专门有几根高亮带当方向标，整张图上下方向一秒对上，不用从顶上数小蓝带。
报出来的分子量准不准：非预染的蛋白没被改造，按真实分子量迁移，是最准的标尺。Thermo 和 Bio-Rad 的手册都直接写：要"precise determination of molecular weight"、要在不同缓冲体系里精确定位，就用非预染。
预染因为上面说的电荷质量形状全变，同一支 marker 在 Tris-Glycine、Bis-Tris（MES/MOPS）、Tricine 几种缓冲里跑出来，表观分子量能漂几个 kDa，体系一换就得重新校准。你要拿迁移距离去反推目标蛋白真实大小、或者做定量光密度分析需要标尺稳，预染给的数字你得打折扣。
能不能切下来送质谱：非预染是纯蛋白，切胶送质谱没问题。预染连着染料，染料会引入额外质量、给肽段加修饰，数据库搜库根本匹配不上，直接废。所以但凡要质谱，预染一律出局。
特殊染色兼不兼容：银染、还有 Bio-Rad 的 stain-free这类，会和预染的染料打架，要么显不出来，要么背景乱。非预染没这问题，什么染色都兼容。
条带锐不锐、稳不稳：非预染的每条带更窄更锐，定量时边界清楚。预染因为染料影响，带子没那么利索。而且预染的染料怕光、怕反复冻融，放久了褪色甚至消失，你容易误判成"转膜失败"，其实 marker 自己不行了，非预染没这毛病，但非预染也得好好存，蛋白降解了照样废。