蛋白互作实验怎么选？一文理清主流方法

研究两个蛋白有没有互作，方法一大堆。但不同实验回答的问题根本不一样。

Co-IP 看到两个蛋白一起被沉淀下来，不代表一定是直接结合。SPR 能给出 KD、结合和解离速率，却不能反映细胞内真实环境。FRET 可以观察活细胞中的近距离变化，但对荧光标记和仪器要求更高。

真要选，先看你想解决啥问题。想确认它们在细胞里是不是同一个复合物，先做 Co-IP。它保留了较多细胞内信息，适合验证已有假设。但它阳性只能说明两者存在于同一复合物，可能还隔着其他蛋白。

要证明是直接结合，上纯化蛋白的 Pull-down。想知道亲和力多强、快慢，再做 SPR 或 BLI。要是想看活细胞里刺激前后怎么动态变化，FRET 更合适。完全没头绪时，先用 Y2H 筛候选蛋白。

一条顺下来的路是：Co-IP 确认关联，Pull-down 验证直接结合，SPR/BLI 测亲和力，最后 FRET 看活细胞里的动态。