“一地多证”主要是分散登记时期形成的历史遗留问题，指同一宗地由同一部门或不同部门多次登记发证而导致的权利交叉重叠、流转受阻等问题。从实质上看，“一地多证”导致同一物上设立了多个内容相互排斥的物权，违背了“一物一权”原则，带来了权利冲突。本案即是典型的“一地多证”历史遗留纠纷。
（一）关于“一地多证”纠纷救济路径的选择问题。
“一地多证”作为土地纠纷的一种特殊形式，严重冲击了土地利用和产权管理秩序，也损害了当事人合法权益。从法律救济路径选择来看，当事人需要区分情形，合理选择解决方式。对于同一部门因审核不严、地籍调查成果不准、程序违法等登记环节错误造成的“一地多证”，可通过更正登记、行政复议或行政诉讼方式解决。但是，对于跨部门登记发证形成的涉及多地类、多权利“一地多证”，其应由人民法院解决，还是由行政机关按行政确权或权属争议调处方式解决，长期以来存在较大争议。
一种观点认为，这类情况应由人民法院处理。理由是：登记发证仅是对不动产权利归属的确认、记载和公示，即便登记后物权归属产生争议，也仍应先行解决基础民事争议。其政策依据是：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉物权编的解释（一）》明确规定，当事人有证据证明不动产登记簿的记载与真实权利状态不符、其为该不动产物权的真实权利人，请求确认其享有物权的，应予支持；2007年2月，原国土资源部办公厅印发的《关于土地登记发证后提出的争议能否按权属争议处理问题的复函》也明确指出，登记发证后的争议不再属于土地权属争议。本案一审法院即持该观点，并在诉讼中忽略当事人“一地多证”问题，直接按合同纠纷作出判决。
另一种观点认为，跨部门“一地多证”涉及权属认定的，应作为土地权属争议首先由人民政府处理，不服行政处理决定的，再进入行政复议或行政诉讼程序。理由是：土地管理法、森林法、草原法等明确规定了政府行政确权制度及权属争议处理作为诉讼前置程序；对于当事人已取得产权证书，但因证载范围重叠的，由于其涉及不同法律关系和行政管理职责，人民法院难以直接作出是非判定，故而由行政机关先行处理在专业技术和处理措施上更具优势，有利于实质化解争议。本案二审和再审法院即持该观点，最高人民法院有关判例也支持此观点。
本案中，对于同一宗地，甲持有土地承包经营权证书，乙持有集体建设用地使用权证书，土地承包经营权和建设用地使用权均属于用益物权，并无效力高低之分。从权源上看，前者源于甲与发包方依法签订的合同，权利自合同生效时设立；后者源于A县政府审批文件，权利自登记时设立。虽然两个证指向同一宗地，但难以直接判断哪个无效，况且本案处理还涉及权利设立所依据的地类判定这一行政管理职责。因此，本案作为土地权属争议，由A县政府及行政主管部门先行明确宗地用途和权利归属，更为妥当。
（二）关于不动产登记机构在处理“一地多证”中发挥作用的问题。
“一地多证”作为不动产登记领域历史遗留问题，登记机构积极主动推动问题化解责无旁贷。但是，“一地多证”成因复杂、类型多样，因此需要区分情形、厘清成因，在已有制度框架和职责界限范围内依法依规有序开展处理工作。
一是对于同一部门形成的同一地类、同一权利类型“一地多证”，确因登记错误的，可通过依申请或依职权更正登记程序予以解决。
二是对于“证出多门”时期形成的涉及不同地类、不同权利类型和不同权利人“一地多证”，登记机构应及时发现问题、提出建议，并反馈至有关行政主管部门或地方政府，先行纠正权利设置环节错误，取得生效行政决定、裁判文书后，再依申请或依嘱托办理注销、更正登记。
三是推动地方政府主导下多部门联动、分类处置。长期形成的“一地多证”，背后往往涉及复杂利益关系，需要多部门协同、共同推动化解。实践中，各级政府也正通过专项规划编制与实施、二轮延包中承包合同规范签订等方式，从根源上推动解决林权、土地承包经营权等领域的“一地多证”问题。
综上，二审法院认为，甲、乙对案涉土地分别持有土地承包经营权证书、集体建设用地使用权证书，当内容发生冲突时，应向有关行政主管部门申请解决，由行政主管部门履行法定职责，明确案涉土地用途，确定权利归属；在案涉土地存在权属争议情况下，不应由人民法院直接受理；一审法院忽视甲、乙均持有合法产权证书，径行依据案涉合同判断当事人权利义务系适用法律错误，应予纠正。随后，二审法院裁定：撤销一审民事判决，驳回甲的一审起诉。
甲不服，申请再审。再审法院认为，无论是土地承包经营权证书，还是集体建设用地使用权证书均系有权机关颁发的法律凭证，均可作为有效民事诉讼证据，无法通过证明力大小直接认定土地用途及使用权的归属；二审判决事实清楚，法律依据充分。随后，再审法院裁定：驳回甲的再审申请。
本案的启示是，跨部门“一地多证”问题要从权利设定前端环节入手纠正登记发证错误。因此，甲应先申请行政主管部门处理权属问题，才能从根本上有效化解矛盾。
