scDrugPerturb-Bench用机制保真评分量化药物响应特征的保留程度；12个模型、3个基线和10种数据划分的评测中，该评分与表达相似度仅弱一致。做单细胞药物响应预测，不能只看表达重建。
预印本，尚未经期刊同行评审。
把基因上、下调证据接入评测
这个基准将配对的对照与药物处理单细胞RNA测序数据，关联到文献整理的关键基因方向性证据：哪些基因在响应中上调，哪些下调。资源包含181个数据集、423个已注释响应案例、717个不同的关键基因和250万细胞，让模型预测有了基因层面的核对依据。
方法示意：把基因上、下调证据接入评测。定量结果以原文为准。
换个评分，模型选择也会变
机制保真评分MFS既看关键基因升降是否正确，也看变化幅度是否找回，再检查基因集一致性、机制特异性和通路响应方向。它与表达相似度指标选出的模型配置不同。在基于转录组的药物设计评估中，按机制信息选择模型提升了早期药物检索表现。
基础模型也没有普遍改善
有限的响应保真度出现在细胞系和来源整合场景中；冻结的单细胞基础模型嵌入只带来局部、依指标而变的收益，数据来源背景也明显影响评估。困难负例测试还提示，看似合理的响应可能来自非特异性转录捷径。这项工作仍是预印本；如果你在评估药物扰动模型或比较跨来源结果，可点“阅读原文”，细看机制评分与数据划分。
本条来源
- bioRxiv：A mechanism-annotated benchmark reveals limited fidelity…
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