医院同时称中国人民解放军医学院，以研究生教育为主，是全军唯一一所医院办学单位，承担国家、军队赋予的博硕士研究生学历学位教育和军队高层次人才培养任务。
第一医学中心
第一医学中心由原解放军总医院内科临床部、外科临床部、医技部和门诊部组建而成，是解放军总医院消化内科、神经内科、肾脏病、普通外科、肝胆胰外科、神经外科6个临床医学部所在地，展开床位3500余张。年均门急诊量约450余万人次、住院20余万人次。中心在消化内镜治疗、机器人微创技术、5G远程手术、慢性肾病治疗等方面具有领先优势。
♦️国家临床医学研究中心1个：
国家慢性肾病临床研究中心
♦️国家临床重点专科13个：
内分泌科、麻醉科、核医学科、消化内科、肾病科、神经内科、神经外科、心血管病科、放射科、病理科、超声医学科、普通外科、检验科；
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室14个：
超声医学全国第一
肾脏病全国第二
放射科全国第三
内分泌科全国第三
消化病全国第四
病理科全国第五
麻醉科全国第五
普通外科全国第五
检验医学全国第五
核医学全国第六
风湿病全国第七
神经外全国第七
急诊医学全国第九
神经内科全国第十
第二医学中心
第二医学中心位于解放军总医院院本部，原为解放军总医院南楼临床部，主要接待军队军以上和地方相应级别干部。中心在老年多器官功能衰竭系列研究、老年慢性阻塞性肺疾病呼吸衰竭的机械通气、高龄患者心血管急危重症诊疗等方面具有领先优势。
♦️国家临床医学研究中心1个：
国家老年疾病临床研究中心
♦️国家临床重点专科1个：
老年病科
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室2个：
健康管理全国第一
老年医学全国第二
第三医学中心
第三医学中心前身是武警部队总医院，是解放军总医院泌尿外科、眼科2个临床医学部所在地，展开床位1380张。
中心在泌尿外科、眼科以及灾害救援医学、神经科学、器官移植、眩晕病、骨科、口腔医学、消化内科、肿瘤放疗、心血管病介入、理疗康复等学科技术领域具备领先优势或特色。其中，泌尿外科位列复旦大学全国专科排行榜第一名。
♦️国家临床重点专科2个：
泌尿外科、眼科；
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室1个：
泌尿外科全国第一
第四医学中心
第四医学中心原为解放军总医院第304临床部，是解放军总医院骨科和烧伤整形2个临床医学部所在地，展开床位1500张。
中心是以骨科、烧伤为龙头学科的战创（烧）伤学科体系，是全军战创伤外科救治中心，以创（烧）伤、急救和危重症救治三大方向为主要的救治特色。
♦️国家临床医学研究中心1个：
国家骨科与运动康复临床医学研究中心
♦️国家临床重点专科2个：
骨科、烧伤整形科；
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室3个：
烧伤科全国第二
骨科全国第三
运动医学第六
第五医学中心
第五医学中心是由原解放军第302医院和307医院合并组建而成，是解放军总医院感染病、肝病、血液病、肿瘤4个临床医学部所在地，展开床位1800余张。
中心在病原体感染导致的传染病和继发病、疑难重症肝病、血液病、肿瘤诊治等方面具有领先优势。
♦️国家临床医学研究中心1个：
国家感染性疾病临床研究中心
♦️国家临床重点专科4个：
血液病科、肿瘤科、感染病科、肝病科；
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室1个：
传染感染全国第八
第六医学中心
第六医学中心前身为原海军总医院，是解放军总医院心血管病、中医、耳鼻咽喉头颈外科3个临床医学部所在地，展开床位近1500张，年门急诊量近140万人次、收治6万余人次、手术数量近4万例次。
中心以心血管病科、中医、耳鼻咽喉头颈外科三大学部为龙头的专科优势，统领和覆盖军事损伤、急救重症、中医康复、保健医学等特色鲜明、专通结合的特色学科群和医学研究体系，是解放军总医院体系内兼具陆海空特色的战略卫勤支援力量。
♦️国家临床医学研究中心1个：
国家眼耳喉鼻疾病临床研究中心
♦️国家临床重点专科5个：
高压氧科、神经外科、耳鼻喉科、眼科、空潜科；
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室1个：
耳鼻喉科全国第三
第七医学中心
第七医学中心原为陆军总医院，展开床位1500张，年门急诊总量149余万人次、出院总量5.9万人次、手术量4万例次。中心是解放军总医院妇产、儿科医学部所在地，目前已初步形成以两个学部为龙头、以创伤骨科、皮肤损伤修复、神经外科、神经内科、普通外科、肿瘤内科等一批国家、军队重点学科为支撑的优势学科群；在外科诊治、微创治疗、新生儿救治等方面具有特色优势。
♦️国家临床重点专科2个：
儿科、皮肤科；
第八医学中心
第八医学中心前身是解放军第309医院（总参总医院），是解放军总医院呼吸与危重症和结核病2个临床医学部所在地，展开床位1400张。中心在结核病防治、器官移植、呼吸危重症救治等方面具有特色优势。
♦️国家临床重点专科1个：
呼吸与危重症医学科
♦️2024年度中国专科声誉（复旦版）排名全国前十科室2个：
结核病全国第七
呼吸科全国第七
第九医学中心
第九医学中心原为解放军第306医院，2018年更名为战略支援部队特色医学中心，2024年战略支援部队番号撤销更名为解放军总医院第九医学中心，现有床位1008张。
中心主要承担全军特殊职业病的研究、预防、诊治和应急保障任务，在复杂口腔疾病诊疗、3D打印辅助极重度脊柱侧弯矫形治疗、神经肿瘤外科精准切除、急性缺血性卒中取栓、重症糖尿病足治疗、小耳畸形个性化治疗等技术处于国内领先水平，在口腔疾病防治、心血管介入、胃肠疾病筛查、磁共振脑功能成像、中西医结合诊疗等方面富有特色。
♦️国家临床重点专科1个：
口腔科
海南医院
海南医院（原海南分院）是经中央军委批准，由原总后勤部与海南省人民政府于2009年12月开工建设，2012年6月9日开诊的正师级三级甲等综合医院。医院位于三亚市海棠湾，作为解放军总医院唯一整建制跨地域建设的全科综合医院，在管理理念、人才队伍、运作模式等方面与总医院一脉相承，重点构建海战伤与热带病救治体系、训练体系及科研体系"三大体系"，打造创伤、急救、热带、康复、保健五大学科群。
