清代巡抚官阶均为正二品，不同巡抚实际权力差别极大，朝廷从未公开说明这种差别。清代共十六个省设置巡抚，这些巡抚实际权力自然形成三个清晰等级。
山东、山西、河南三省不设总督，三省巡抚同时兼任提督，提督负责管理一省绿营军队。这三个省的巡抚同时管辖军事、行政、财政、司法各项事务，是所有巡抚中权力最硬正的。山东巡抚权力最大，山东位于北京东南方向，管辖运河漕运、长芦盐政、黄河河工、登州海防，单独收取临清关关税。雍正元年之后，山东巡抚兼任提督，全省绿营军队听从其指挥。
丁宝桢处死安德海、袁世凯在山东训练新军，都依托这份不受掣肘的独立权力。山西巡抚权力次之，山西位于北京西北方向，管辖蒙古通道、河东盐政，是西北用兵的后勤总枢纽。汉人担任山西巡抚必须经过皇帝特别批准，可直接向皇帝发送密奏。河南巡抚位列第三，地处中原腹心，管辖黄河河工、南北漕运，兼任提督，省内所有事务由其最终决定。这三个巡抚没有上级总督，可自行决定人事任免，自行审批军费开支，奏折直接送达皇帝手中。
其余省份均设置总督，其中江苏、浙江、安徽、江西、陕西、湖南六省的总督与巡抚不在同一城市办公，这些巡抚实际权力较大。江苏巡抚权力居首，江苏省是全国最富裕省份，税收占全国税收百分之三十。两江总督驻扎江宁，江苏巡抚驻扎苏州，两地距离较远，江苏巡抚管理财政、行政、盐政各项事务，总督很难干预其工作，很多时候实际权力超过两江总督。
浙江巡抚次之，闽浙总督驻扎福州，浙江巡抚驻扎杭州，两地距离很远，浙江巡抚管辖漕运、盐政、海防，可直接向皇帝发送密奏。安徽、江西、陕西、湖南四省巡抚均兼任提督，掌握部分军队指挥权，管理各自省份财政和行政，总督只能对其进行监督，不能取代其职务。这六个巡抚拥有一定自主权，处理事务需把握尺度，不能超越权限，也不能与总督直接对抗。
湖北、广东、福建、云南、贵州、广西、甘肃、新疆八省的总督与巡抚在同一城市办公，这些巡抚实际权力最小。总督与巡抚衙署距离很近，巡抚任免官员需向总督报备，使用军费需经总督审批，撰写的奏折必须经总督签字才能送达皇帝，绿营军队指挥权完全由总督掌握。巡抚名义上是一省最高长官，实际权力与总督副手相差无几。广东、福建两省虽较为富裕，但关税、盐政、海防均由总督管理，巡抚只能处理普通行政事务。
云南、贵州、广西、甘肃四省地处偏远，经济落后，财政需其他省份支援，军队由总督统一调度，地方治安事务也需总督批准，很多人担任这四省巡抚三年，都没有机会见到皇帝。新疆建省最晚，新疆巡抚品级比其他巡抚稍低，仅管理地方行政，伊犁将军掌握新疆驻军，新疆财政需陕西甘肃两省支援，权力受到诸多限制。这八个巡抚处境艰难，做任何事都要看总督脸色。
清代朝廷实行督抚制衡制度，设置总督和巡抚两个职位，核心目的是防止任何一个官员权力过大。第一档巡抚直接对皇帝负责，控制北京周边地区，作用是防止总督专权。第二档巡抚管理全国主要财赋地区，朝廷需要他们提供财政收入，同时用总督对其进行制衡。第三档巡抚与总督同城办公，作用是分散总督权力，防止总督在地方形成割据势力。清代两百多年间，督抚制度基本没有变化，巡抚权力分级也基本保持稳定。官员的地位不是由官阶决定，而是由朝廷的信任程度、所在省份的重要程度以及权力制衡的需要共同决定。所有官阶平等都是表面现象，真正的权力分配永远不会公开。
