在软科发布的2026年中国高校排行榜中，新疆高校排名最高的是新疆大学，排名全国第131位，比去年下降了4位，其次是石河子大学，排名全国第135位，比去年上升了5位，新疆医科大学主榜参考排名第196位，医药类高校第23位，比去年上升了2位，列新疆高校第3位。
新疆财经大学主榜参考排名第336位，财经类高校第37位。
新疆科技学院主榜参考排名500+，财经类高校第46+。
新疆第二医学院主榜参考排名500+，医药类高校第56+。
新疆警察学院主榜参考排名第500+，政法类高校第30+。
同去年相比，新疆高校排名上升得最高的是新疆师范大学，从第335位升至第302位，上升了33位，塔里木大学从第318位降至第343位，下降了25位，伊犁师范大学从第492位降至第500位，下降了9位，新疆农业大学从第299位降至第305位，下降了6位。
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